1ـ توجه خاص به تبیین نقش ائمه اطهار( (علیهم السلامو علمای شیعه در موضوع کنگره

2ـ توجه به بُعد بین‌المللی کنگره و حفظ شئون مرجعیت شیعه

3ـ تأکید بر گفتمان‌سازی در حوزه‌ها و دانشگاه‌ها و مجلات برای نهادینه کردن اندیشه کنگره

4ـ شرکت‌دادن علمای مذاهب اسلامی داخل و خارج و حتی مستشرقان مثبت‌نگر در کنگره

5 ـ قلمرو کنگره علوم رشد یافته در جهان اسلام و توجه ویژه به علوم اسلامی (همچون فقه ـ اصول ـ تفسیر ـ علوم حدیث و ...)

6 ـ تأکید بر تولید مجموعه آثار علمی فاخر که زمینه‌ساز راه‌اندازی رشته‌های حوزوی و دانشگاهی در این زمینه شود.

7ـ تأکید بر تخصصی شدن کنگره با تشکیل کمیته‌های علمی

8 ـ جلب حداکثری مقالات با فراخوان و اعطای جوایز و پیش‌نشست‌ها و ... همراه با تأکید بر مقالات سفارشی

9ـ سهم‌بندی علوم در کنگره در مورد علوم اسلامی (70 %) و علوم انسانی (20 %) و علوم طبیعی (10 %) می‌باشد.

10ـ تأکید بر تقریب مذاهب اسلامی